Miyagi tuvo su primer ataque al corazón en 1951, y murió en Okinawa el 8 de octubre de 1953 de un segundo ataque al corazón. Algunos de los estudiantes más notables de Miyagi fueron: Seko Higa (también estudiante de Kanryo Higaonna), Miyazato Ei’ichi (fundador del dojo Jundokan), Meitoku Yagi (fundadora del dojo Meibukan, Seikichi Toguchi (fundador de Shorei-kan Goju-ryu), y en el Japan anese continental G ōgen Yamaguchi quien fue el fundador del Goju Kai en Japón.

Miyagi murió sin haber nombrado oficialmente un sucesor, y varios de sus alumnos se han proclamado como sus sucesores, Sin embargo, Seikichi Toguchi es citado diciendo “Déjame decir primero que yo no fui nombrado el sucesor de Goju-Ryu por Miyagi, pero tampoco lo fue nadie más. Hay algunos profesores de Goju-Ryu que afirman haber sido nombrados como sucesores privados por Miyagi. Estas afirmaciones son ridículas e irrespetuosas de su memoria.

Nunca nombró públicamente a nadie como sucesor. El sentido común dictaría que si él fuera a nombrar a alguien, habría sido un estudiante desde hace mucho tiempo y tendría que ser de registro público para tener cualquier valor. Miyagi no era un hombre para hacer las cosas de una manera desordenada – todo era muy deliberado y preciso. También sería lógico asumir que, puesto que Miyagi no le otorgaría el ranking a dan, ¿cómo entonces se inclinaría a nombrar un sucesor?

Después de la muerte de Miyagi, sus alumnos más experimentados en el momento de su muerte fueron Seko Higa, Meitoku Yagi, Eiichi Miyazato, Koshin Iha y Seikichi Toguchi.

La familia de Chojun Miyagi comunicó que el fundador del estilo quería que Eiichi Miyazato lo sucediera. El comité Goju Ryu, formado por los principales estudiantes de Miyagi (que incluía entre otros Nakaima, Madanbashi, Meitoku Yagi, Iha Koshin) en una reunión en febrero de 1954 votó casi unánimemente a Eiichi Miyazato como el sucesor oficial de Chojun Miyagi.

Miyazato continuó enseñando desde el Garden Dojo de Miyagi hasta 1957, cuando construyó el dojo Jundokan con la ayuda de la familia Miyagi. La familia de Miyagi también donó herramientas Hojo Undo y la estatua de Busanagashi de Miyagi a Miyazato, que se convirtió en el símbolo de Jundokan.